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南京博物馆属于市级博物馆，南京博物院属于省级博物馆。

南京博物院是中国第二大博物馆，中国三大博物馆之一，中国最早创建的博物馆，是一座大型综合性的省级历史与艺术类博物馆，全国综合性历史艺术博物馆，全国重点博物馆。

南京市博物馆是一座综合性历史艺术类博物馆，是江苏省、南京市爱国主义教育基地。馆址朝天宫，是江南地区最大的官式古建筑群，是全国重点文物保护单位之一。馆前身为建国初期成立的南京市文物保管委员会，1978年南京市博物馆正式挂牌。